一、中风门二、风痹门三、心腹痛门四、霍乱门五、呕吐门六、气门七、痰饮门八、痨瘵门九、胁痛门十、腰痛门十一、香港脚门十二、积聚门十三、脾胃门十四、补益门（一）导引行气法（二）虾蟆行气法（三）入火法（四）
卷之一上草部（山草类）人参珠儿参会兰参潞党参西洋参东洋参高丽参北沙参桔梗甘草葳蕤黄精黄蓍白术苍术天麻秦艽柴胡银州柴胡前胡川独活川独活川独活川独活北细辛远志金毛狗脊淫羊霍巴戟天琐阳肉苁蓉肥白芨参三七地榆
序卷一中风门第一乌梅擦牙关方稀涎散通顶散苏合香丸许胤宗黄防风汤熏蒸法二陈汤四君子汤加竹沥姜汁方四物汤加桃仁红花竹沥姜汁方八味顺气散乌药顺气散牵正散星香汤省风汤改容膏小续命汤大秦艽汤三化汤泻青丸活络丹蠲
第1部分第2部分第3部分第4部分
张序自序卷上经义论证阴虚论治阳虚论治咳嗽失血骨蒸遗精女人月闭诸虚见症论虚损劳瘵论虚损传变论五劳七伤六极辨虚火论脉论爪论嚏虚损危候辨似损非损卷下六味地黄丸八味丸（崔氏）大补元煎（新方）左归饮（新方）右归
通俗序壶天性果女丹十则（一卷）第一则·养真化气第二则·九转炼形第三则·运用火符第四则·默运胎息第五则·广立功行第六则·志坚行持第七则·调养元神第八则·移神出壳第九则·待度飞升第十则·了道成真女金丹序上
题辞卷上脏腑经络先后病脉证第一湿病脉证第二百合狐惑阴阳毒病证治第三疟病脉证并治第四中风历节病脉证并治第五血痹虚劳病脉证并治第六肺痿肺痈咳嗽上气病脉证治第七奔豚气病脉证治第八胸痹心痛短气病脉证治第九腹满
皮肤针疗法皮内针疗法三棱针疗法水针疗法挑刺疗法拔罐疗法火罐的来源火罐的种类拔罐吸拔的方法各种拔罐法的运用拔罐操作方法拔罐注意事项怎样避免火罐烫伤拔罐适应症、主穴、禁忌芒针疗法芒针针具芒针治疗特点芒针针
祝由十三科
序一序二序三卷一卷二卷三疹痧疹附录吴山散记小引吴山散记